STORM(蛋白质分析软件)
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这是STORM(蛋白质分析软件)，风暴(系统定制的羊痘疮数据检索与管理)将blast、fasta、包含了和protparam的蛋白质分析结合在一个蛋白质序列的批处理文件中。它随后以access数据库格式总结和组织输出。
更具体地说，风暴提取了orf预测后的蛋白质序列，然后对每一个蛋白质进行自动分析。该分析包括基于web的相似性搜索(blastp和fasta )以及包含了预测和蛋白质物理化学性质的protparam计算。然后对这些分析的原始产量进行分析和总结。所有这些步骤都需要最少的用户交互(只需点击几下鼠标!)！！)和所有数据存储在Microsoft access数据库中，允许对原始输出以及此程序汇总信息进行控制(然而，创建摘要并不严格要求访问数据库)。该程序广泛适用于任何一组蛋白质，但初步开发主要是为了分析噬菌体基因组。
利用范德华表面或溶剂可及性表面方法探讨蛋白质截断球面性质；
利用双立方格子方法数值化蛋白质表面、表面体积；
计算分子组装及各组分表面能量、亲疏水性表面；
可以同时对蛋白序列进行BLAST/FASTA/Pfam/ProtParam分析软件，并将结果输出到数据库中。
蛋白质研究DeNovoGUI：这是蛋白质研究DeNovoGUI，一个非常复杂的领域，要求两个训练有素的专业人才和先进的数字工具。在定量方法，在性质上尤其是统计的兴起，导致依赖于用于分析肽项目水平的提高。
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