免费核酸序列分析工具Seqool下载|免费核酸序列分析工具Seqool下载

这是免费核酸序列分析工具Seqool，是一种免费(用于教育用途)序列分析软件，主要用于在核酸序列中搜索生物信号。序列分析程序包提供了几种模式识别模型，但它还包括最常见的序列分析统计，如GC含量、密码子使用等。

分析内容

1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显子和5’调控区 (promoter) 等核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；
2、使用BioEdit软件对上述核酸序列进行分子质量、碱基组成、碱基分布、序列变换以及限制性酶切分析等基本分析，并从BioEdit软件的“help”栏了解该软件的其它功能；
3、使用BioEdit软件对人瘦素 (leptin) 的mRNA序列进行可读框架分析；
4、使用NCBI查询系统进行人瘦素 (leptin) 的基因组序列分析和基因的电子表达谱分析；
5、使用Blast2进行人瘦素 (leptin) mRNA序列与其外显子或基因组序列的比对分析。

分析步骤

1、调用Internet浏览器，并在其地址栏输入Entrez网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez；
2、在Search后的选择栏中选择nucleotide；
3、在输入栏输入homo sapiens leptin;
4、点击go后显示序列接受号及序列名称等;
5、查找人leptin (obesity homolog， mouse) mRNA序列（提示：NM_000230），点击序列接受号后显示序列详细信息；
6、将序列转为FASTA格式保存
7、根据从NM_000230了解的基因定位信息查找人瘦素的基因组DNA (Contig) 的序列接受号及序列识别号，点击序列接受号显示序列详细信息；
8、在输入栏输入homo sapiens leptin exon查找人瘦素外显子序列；
9、在输入栏输入homo sapiens leptin promoter查找人瘦素5’调控区序列;
10、按上述步骤用SRS信息查询系统检索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因组DNA、外显子和5’调控区 (promoter) 等核酸序列；
11、将上述核酸序列输入BioEdit和DNAClub软件进行序列基本分析；
12、打开BioEdit软件，点击“help”栏，阅读“contents”；
13、将人瘦素 (leptin) 的mRNA序列输入BioEdit软件进行可读框架分析：打开BioEdit软件→将人瘦素 (leptin) mRNA的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择nucleic acid→点击find next ORF→查看起始密码位置和编码区范围（57→557）；
14、参照教材使用NCBI查询系统进行人瘦素 (leptin) 的基因组序列分析和基因的电子表达谱分析；
15、人瘦素 (leptin) mRNA序列与其外显子或基因组序列的比对分析：调用Internet浏览器并在其地址栏输入Blast2网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrezgorf/bl2/html) →将人瘦素 (leptin) mRNA和外显子的FASTA格式序列分别输入sequence2和sequence1分析框或将人瘦素 (leptin) mRNA和基因组序列的GI版本号输入sequence2和sequence1的GI版本号框→点击Align后显示两序列比对的详细信息→查找mRNA序列上各外显子的位置。