PhyDE(查看和分析DNA序列比对工具)
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这是PhyDE(查看和分析DNA序列比对工具)，是一个方便，容易使用，系统独立的编辑器，专门用于DNA和氨基酸序列比较，旨在协助序列数据进行比较分析亲缘或其他感兴趣的人设计的。
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DNA序列指使用一串字母（A、T、C、G）表示的真实的或者假设的携带基因信息的DNA分子的一级结构。DNA序列测定方法有光学测序和芯片测序两种。
Subread是最新出现的比对软件。作者Wei Shi在文章中声称subread在速度和准确率上都较之前的主流软件有优势。并且它还有R/Bioconductor版本。但是在SEQanswers的讨论中，他与BWA的作者Heng Li打起了口水战，他们都声称自己的软件才是准确率最高的。甚至两人还给出了截然相反的两组比较数据。
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