DNAuser(多功能DNA序列分析软件)
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这是DNAuser(多功能DNA序列分析软件),一个简单的多功能DNA序列分析软件。由DNAClub更新而来。该软件的开发者为陈雄风研究员,是浙大的客座研究员。
Dnauser是一个用于DNA分析的综合工具。现在所包括的基本功能包括序列编辑,序列转换,ORF定位,翻译,驱除载体序列,限制性内切酶作图,PCR引物设计和序列比对等,质粒作图功能正在开发中。一个集成的DNA /蛋白质分析工具软件包,分子生物学/生物技术研究人员。
非常好用而且有名的DNA分析共享软件,含有部分蛋白序列分析功能。可以全功能使用90天。90天后仍然能够全功能使用,只是启动延时。
基于MPI(message passing interface)平台实现了HMMER软件包核心程序之一Hmmpfam的大规模并行计算.该版本针对原PVM(parallel virtual machine)并行版本在并行规模扩大后,master易成为通信瓶颈的问题,对通信结构进行了优化,提出了一种新的三层通信结构,在序列和HMM模型的两个层次上实现了并行化,并分别提供了有效的负载平衡策略,同时优化了I/O性能,在700多台处理机上达到95%的效率.
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