EMBOSS快速指南文档
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这是EMBOSS快速指南文档，欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite，EMBOSS)是一个开源的序列分析软件包，可在UNIX系统上以命令行方式运行，目前也已经有基于X窗口系统和Web的图形界面的EMBOSS。该软件包源于1988年开始开发的EGCG系统，整合了目前可以获得的大部分序列分析软件，并有一套专门设计的C语言库函数。
寻找一个程序，可以使用EMBOSS 应用程序wossname，用一个关键字对所有程序的描述
进行搜索。
wossname keyword 显示在描述信息中包含该关键字的所有程序列表
wossname -alphabetic –auto 显示所有程序
programname –help 给出该程序的可用参数
tfm programname 显示该程序的文档
文档同时在线给出：
http://www.rfcgr.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/Apps
序列储存在数据库内或是以纯文本存于文件内。EMBOSS不支持Word处理的文件！缺省
的序列格式是fasta。这个格式的第一行是初始标题行包含一个“>”，其后是序列描述的，
第二行及以后的行是序列，例如：
>fau Human FAU gene fragment
GACCGGCCAGGAAACGGCATG
当前的EMBOSS 支持42 种格式，包括Clustal， EMBL， GCG， GenBank， PIR， MSF， Phylip，
SwissProt， Text(raw)。
所以程序的缺省输出可以通过环境变量的设置来改变：
setenv EMBOSS_OUTFORMAT format
embossdata 找到或取出用EMBOSS程序读入的数据文件
embossversion 显示出当前EMBOSS的版本号
本文档由英国EMBnet节点的Lisa Mullan设计和撰写，由EMBnet的P&PR发布委员会发
布。
EMBnet－欧洲分子生物学网络－是一个由众多欧洲生物信息中心组成的生物信息网络。大
多数国家都有一个国家节点，能为生物信息软件用户提供培训课程和其他形式的帮助。
你能从EMBnet站点发现关于你的国家节点的信息：
[url]http://www.embnet.org/[/url]
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