DnaSP(基因多态性分析软件)
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这是DnaSP(基因多态性分析软件)，是一个用于分析序列DNA序列数据的核苷酸多态性的软件包。dnasp可以估计种群内和居群间(在非编码、同义或产生的位点或各种密码子位置)的DNA序列变异的几种度量，以及连锁不平衡、重组、基因流动和基因转换参数。dnasp还可以进行一些中性的测试:哈德逊、kreitman和aguadé ( 1987 )、日本田岛( 1989 )、麦当劳和kreitman。
DnaSP是一款专业的dnA类比分析软件，一般用于专业的医学领域，用于研究和学习使用，有相关专业的朋友不要错过。
DnaSP，DNA序列多态性，是一个软件包，从对齐的DNA序列数据核苷酸多态性的分析。 DnaSP可以估计DNA序列变异的内和之间的人口数的措施（在非编码，或同义非同义位点，或在形形色色的密码子位置的），以及连锁不平衡，重组，基因流 和基因转换参数。 DnaSP还可以进行中立的几个测试：哈德森，Kreitman和Aguadé（1987），田岛（1989），麦当劳和Kreitman（1991）， 傅和Li（1993），及富（1997）的测试。此外，DnaSP可通过聚结估计的一些测试统计量的置信区间。该分析的结果显示在表格和图形的形式。
1. 打开DnaSP，出现动态DNA图像，点击画面任何一处即会静止，再点击又呈现动态；点file 标签，出现空白画面.
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2. 点file-open data file， 选择要打开的文件（FASTA， MEGA， NBRF/PIR，NEXUS and PHYLIP等格式）后，出现一个小窗口，描述了所打开序列数据的总的核苷酸数目，序列数目等。点close，如果想在稍后重新打开这个窗口，可以点Display-Data info.
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3. Display-view data，查看对比序列.
4. 计算核苷酸多态性：点Analysis-DNA polymorphism， 出现一个选项卡供选择要分析序列的全长或某一区段(Region to Analyze)和运算法则(options)等;如果想知道在整个序列的哪一段多态性较高，可以在sliding window点中compute进行选择。如果只打开了一个序列，则会出现要求选择多个序列进行分析的提示框.
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5. 中性检验
点击Analysis-Tajima's test
该检验的目的是鉴定目标DNA序列在进化过程中是否遵循中性进化模型。大多数由自发突变造成的分子差异不会影响到个体适宜度，推论指出基因进化根本上是通过遗传漂变来实现的。
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