TreeGraph(编辑系统发育树软件)
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这是TreeGraph(编辑系统发育树软件)，一个方便，易于使用的图形编辑器，专为设计的进化树，让你应用大量的图形格式到你的树中的元素。此外，它支持多种（有形或无形）的每个分支或节点的说明（如支持的值）。这些注释可以导入从Nexus树中的文件或文本文件，其中包含表中的数据（例如，从一个电子表格程序导出）。清风网络提示: 该软件要求您的电脑要装有Java环境（进入下载jre.Java环境）才能正常使用。
蛋白质序列，蛋白质结构等来构建系统发育树，或者通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树。
•系统发育树主要是它的拓扑结构和分支长度。
•根据拓扑结构的不同系统发育树可以分为有根树和无根树。
有根树有一个根节点，代表所有其它节点的共同祖先，从根节点只有唯一路径经进化到达其他任何节点；
无根树只表明了节点之间的关系，没有进化方向，但是通过引入外群（outgroup）或外部参考物种可以在无根树中指派根节点。
1. 使用MEGA6根据细菌的16s rRNA基因或者真菌的18s rRNA基因的构建方法
为何要建系统发育树？就是要把你的目的微生物与其它微生物间的亲缘关系，用系统发育树直观的表示出来。下面是具体的步骤：
首先准备你将要建树的序列，可以将你的序列在NCBI上进行Blast查找出相近的序列，下载下来，可以都放到一个Text文件中（都是fasta格式）。（以下是具体步骤，黑体为软件选项）
打开MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是蛋白质则选择Protein）（这就打开了一个序列比对的新窗口）——Edit——Insert sequence from file（选择你已经存储序列的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（参数不需多改，直接点击OK）——等待比对（比对结果相同的碱基会在同一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然后就可以回到主界面进行系统发育树的构建）——Phylogeny（可以选择构建树的方法，一般是邻接法neighbor-joining和最大简约法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（这里选择构建邻接树，会出现一个窗口）——在Test of phylogeny 选择Bootstrap method 并设定其值为1000——compute——这样树就建好了，在树的生成界面可以对其形状大小等进行调节。
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